Il Parco si presenta come un mosaico di ambienti diversi. Ampi spazi destinati a coltivo e pascolo estensivo sono interrotti da aree incolte, lembi boscati residui, laddove non è arrivato o è da tempo cessato lo sfruttamento agricolo, fossi con presenza di vegetazione ripariale, al-cune aree umide. Questi ambienti semi-naturali ed il contesto agricolo del quale sono parte, rappresentano il cosiddetto agro-ecosistema dell’attuale campagna romana. Il sistema è però fortemente frammentato dalla componente antropica: zone ad edilizia intensiva o diffusa, ville private, aree archeologiche, verde pubblico, arterie di comunicazione. Ciò nonostante persistono ambiti di notevole interesse naturalistico e scientifico, grazie alla presenza di comunità faunistiche e di associazioni vegetali coerenti con le potenzialità ecologiche dell’agro-ecosistema. Queste caratteristiche rendono il Parco dell’Appia Antica, insieme alla sua unicità per i valori storico archeologici, una tra le più importanti aree naturali protette periurbane del Lazio, parte sostanziale della Rete Ecologica della città di Roma, recepita e disciplinata da uno specifico elaborato all’interno del nuovo Piano Regolatore Generale.
Il territorio del Parco è percorso in direzione Sud Est-Nord Ovest da diversi corsi d’acqua alcuni dei quali, detti anche marrane, sono alimentati da numerose risorgive locali; nel loro insieme, rappresentano l’odierno assetto del sistema idrografico di affluenti del fiume Tevere che ha modellato i versanti vulcanici, dove la presenza di lave e tufi alcalini contribuisce alla fertilità dei suoli argilloso sabbiosi. I valori fondamentali del Parco dell’Appia Antica, prioritari oggetto di tutela, sono legati all’opera dell’uomo che ha prodotto il paesaggio caratteristico della campagna romana, teatro delle innumerevoli ed eccezionali testimonianze storico-archeologiche. Le trasformazioni che da millenni l’uomo opera nell’area compresa tra la città di Roma ed i Colli Albani hanno prodotto la trasformazione delle aree forestali originarie verso ambienti adatti allo sfruttamento agro-pastorale. La morfologia tipica della campagna romana, caratterizzata da pianori solcati da valli più o meno profondamente incise, è stata anch’essa in parte modificata dagli scavi in superficie e nel sotto-suolo, trasporti e riporti di materiali, opere di regimentazione delle acque. Negli ultimi decenni una incontrollata e diffusa urbanizzazione ha causato una riduzione e frammentazione di questo paesaggio, lasciando ciò che oggi tuteliamo.